這是于前作結(jié)束100年后的故事。主角是一位高中一年生，一天放學(xué)回家時(shí)，突然被一團(tuán)光包圍著，然后就帶到稱為「京」的異世界去了。

那時(shí)候的京，正分為帝和院（前任的帝）兩股勢力，就連貴族甚至平民都分成帝派和院派。另一方面，花梨雖是被龍神挑選出來的龍神之神子，負(fù)上拯救京的責(zé)任，但為了守護(hù)神子而被選出來的八葉，卻并不認(rèn)同花梨是神子，而且八人之間亦因?yàn)榉至殉蓛蓚€(gè)政治黨派而彼此不和。

花梨一邊要令八葉成為自己的伙伴，一邊則為拯救京而努力

煩惱的戀愛

跟前作一樣，游戲流程會分為主流故事與及跟八葉之間的戀愛故事兩部分。不過于遙２中，因加入院帝兩股勢力的政治元素，令神子在偏向其中一方時(shí)，另一方的八葉便會視神子為反對派，雖然還未至于變成敵人，但其好感度則肯定極之低落。在這樣持相反意見的情況下，要跟另一方的八葉提升好感度，實(shí)在頗具難度。這就是所謂的「煩惱戀愛模式」了。

新戰(zhàn)斗應(yīng)援系統(tǒng)

于京的周圍散策遇上怨靈時(shí)便會進(jìn)入戰(zhàn)斗畫面，戰(zhàn)斗形式基本上沒什么改變，但在替八葉應(yīng)援時(shí)，可因應(yīng)八葉的性格，向同一八葉連續(xù)說兩句不同的應(yīng)援合詞，組合得宜的話便可達(dá)成「應(yīng)援COMBO」，使該八葉的集中力得到大量提升。